我想嘗試的 ChIP-seq 分析流程是這樣的： 取得需要的定序資料：從 GEO Dataset 下載 把載來的打包檔案 (.sra) 轉換成可分析的原始資料 (.fastq)：使用 SRAToolKit 確認定序品質： FastQC 排除品質不佳的資料： FastX Toolkit 將定序結果對應到參考的基因組上： Bowtie 2 整理對應完成的資料： BEDTools 尋找訊號峰值（是說中文維基百科上 這個條目 竟然就直接用英文上了）： MACS 依樣畫葫蘆的過程中發現，啊呀 FastX Toolkit 、 BEDTools 還有 MACS 都要在 UNIX-like 系統上才能執行，原因我也沒去深究，用現成的工具也不能挑剔這個吧。 所以只好試著 Linux 一下了，這次嘗試我選擇在 Virtualbox 虛擬機器裡安裝長期支援版本 ( Long term support, LTS )的 Ubuntu Server ，過程跟平常重灌電腦沒有太大差異，也不難找到 流程教學 。 選擇用 Virtualbox + Ubuntu 的理由很簡單：大家用什麼我就跟著用，碰到問題的時候能夠從 無窮之海的集體意志 找到答案的機會大一點。 在安裝的過程當中如果Virtulbox不讓你裝 64 位元版的 Linux ，那可能是 虛擬化 功能沒有啟動，可以尋找一下符合你使用電腦的 教學 來啟動這個功能。由於 32 位元的作業系統只認得最多 2 GB 記憶體，在動輒就用掉 5 GB 以上的定序世界是沒有 32 位元的生存空間的。 OK ，到了這裡安裝應該也差不多完成了，如果你好奇為什麼裝 Ubuntu Server 而不是 Desktop 版本，那是因為接下來用上的工具反正沒有圖形介面，不想裝用不上的桌面介面 ，而且直接對著命令列下指令感覺比較帥。 說到命令，很多人到這裡可能會對不熟悉的介面過敏起疹子之類的，不過說真的扣掉工具本身 靠複製貼上可以解決的 指令，只會幾個指令也能活得很好的。