小兔子暗黑無限破

tl;dr: Dependencies hurts when you try to set up R on server After a while of playing around, I’ll say the best way to use R with a Notebook-style interface on a server where you are no superuser would be using Anaconda, and then run R inside Anaconda to get whatever package you need. It is designed to run for a normal user, so there’s no need for superuser permission, and dependency issue is also taken care of most of the time. If you get the permission on server and are comfortable with R Studio, R Studio Server might be a even better option. That is because even if the packages are in Conda R , Conda Forge , or Bioconda , sometimes they are out of date, which might break dependencies, and conda skeleton and conda build unfortunately come with a lot of dependency issue as well. Besides, the visualization of environment and integration of documentation is better in R Studio for me. What worked for me starts from creating a new environment in Anaconda and install t...

助理飄飄 好 的研究者每年大約要發表一到二篇 好 的論文， 好 的論文又常是報告新穎有趣的現象。然而這樣的主題並不常有，於是研究就如同淘金，對鑽探的主題的嗅覺和快速掃過潛在地點的能力都不可少。 助理可以推測礦脈，可以四處走走，但究其本質還是那個背十字鎬的人，價值來自於帶回來的金沙，而目前為止我屬於連黃鐵礦都尚未挖到的那一組。 這個圈子裡，老闆那對我可說是毫無來由的信任似乎是稀缺資源。我還不明白這個 圈子 有多大，但或許是整個國家吧。當事情被分為簡單和困難並且分別定價之後，困難的事情就突然變少了。 ____ 只不過是把 ____ 拿去 ____ 而已，不是嗎？ 從近期勞基法的紛擾來看，我們的社會似乎是這樣看待大部分的工作的，所以只要隨便找一個人就可以填起這個空位，也因而沒什麼價值，可能甚至不配被當做 人 ？ 我想這些事終究還是互相的。大人們越是小看一件事，做事的人多半也就跟著看不起這件事，這件事終究會收斂在勉強能動的恰恰不合格狀態。有些人稱之為 異化 的，就是這樣的現象嗎？ 很幸運能夠棲身在不必為「我把你們當人看」而費盡全力的地方，可即使是這樣的地方也無法自外於下滑的螺旋吧。 學習 說起人生學習密度最低的時段就是醫學系的七年了，做為很能配合傳統制約的標準化 好學生 ，醫學系那能用的東西不考，會考的東西沒用的懲罰系統有效的撲滅了我所有去了解什麼的嘗試。助理這段時間恰好是相反的，老闆撐起一方足夠自由的空間，在這空間裡的懲罰就只有用得上的東西卻不會而已。在自由中的確是略有怠惰，但能對學習和探索感到開心是不可或缺的復健。 這一年來摸索最多的是程式。程式對我有種奇異的魅力，可能是羨慕那種確實知道如何解決問題的姿態吧，但過去的嘗試大多在不知學來做什麼之下默默消失。今年搭配著各式各樣亂七八糟的實驗資料可供整理，終於是勉強的敢說自己會一點 R 了。照順序來說，拼湊出了一些東西： 自動加總螢光染色的統計報表 定量 PCR 圖表產生器 在別人的電腦裡弄了 Linux 虛擬機器 雖然理論上能夠自己分析公開的次世代定序資料集了，但速度實在太慢。使用 Linux 的經驗在後來轉用資訊室的伺服器時還是幫了不少忙就是。 電生理示波器總結圖表產生器 PubMed 摘要文字雲 雖然一直沒有搞定 Shiny 的設定 ...